其中，由于權利金是持續性的收費，某些加盟總部會在簽約時，要求加盟者一次開出合約期限內全額權利金的支票，例如合約期限為五年，權利金采取年繳方式，某些總部便要求加盟者將五年的權利金，一次開齊五張支票繳交總部。后來曾有這樣的案例發生，某一體系的加盟者開店二年，因為生意不佳而關門大吉，但是卻早在簽約時，已開齊五年權利金的支票繳交給總部了。按理說，后面三年既然已經收店不再使用總部的商標、商譽，就不需再支付權利金，然而總部卻仍將已收取的支票軋進銀行取款，害得這位加盟者，不僅賠了二年生意，還得另外支付這些已開出的支票金額！所以，加盟者若遇總部要求一次開齊合約期限內，全部權利金的支票面額時，務必記得在合約上加注一點，當加盟店收店不再開店時，總部必須退回未到期的權利金，以保障自身的權益。

　　第三、總部供貨的價格問題。一般的加盟合約中，總部都會要求加盟者一定要向總部進貨，不得私下進貨。這點往往是總部與加盟店紛爭最多的一環。因為加盟店經常認為總部的供貨價格偏高，于是紛紛自行向外采購。但是總部基于連鎖體系品質的一致性，不得不要求加盟店必須統一向總部采購，于是爭端便產生了。較為合理的方式是加盟者在簽立合約時，即應事先要求總部供貨的價格不得高于市場行情，或是高出市場行情百分之多少是可以接受的，以免事后雙方為了價格問題爭執不休。

　　第四、商圈保障問題。通常加盟總部為確保加盟店的營運利益，都會設有商圈保障，也就是在某個商圈之內不再開設第二家分店。因此，加盟者對保障商圈的范圍有多大，必須十分清楚。不過常見的情形，是總部在保障商圈以外不遠處的距離，再開設第二家店時，影響到原有加盟店的生意而引發抗議。其實，總部若是開在保障商圈以外的地方，加盟店并沒有抗議的權利。但值得一提的是，某些連鎖體系因為加盟店增多或已達飽和狀態時，在商圈的保障下，已很難再開新的加盟店，于是便取巧發展第二品牌。意即使用另一個新的品牌名稱，而營業內容與原來的品牌完全相同，這樣就可以不用受限于原有品牌的商圈保障限制了。例如曾有某個房屋仲介連鎖體系就是如此，最后當然就會招致加盟店的群起抗爭。因此，加盟者為保障自身權益，在簽約時，最好載明總部不得再發展營業內容完全相同的第二品牌。

　　第五、競業禁止的條款。所謂競業禁止，就是總部為保護經營技術及智慧財產，不因開放加盟而外流，要求加盟者在合約存續期間，或結束后一定時間內，不得從事與原加盟店相同行業的規定。此一規范旨在保護總部的智慧財產權，并無可厚非，公平交易委員會亦認為此舉不致違法。但是競業禁止的年限究竟應該多久才合理？如果太長，恐會影響加盟者往后的工作權益。對此，曾有某連鎖體系的競業禁止條款規定為三年，被加盟店告進公平交易委員會，公平會認為競業禁止條款乃屬合理，惟認為三年是否過長？后來該總部也很識相地把三年改為一年。所以加盟者在簽約時必須考慮清楚，以免影響日后生計。